Organisation du système de santé

Le système de santé du Burundi est organisé sous forme pyramidale et il s’articule sur 3 niveaux : le niveau central, le niveau intermédiaire et le niveau périphérique. Toutefois le secteur privé n’est pas bien intégré dans le système national de santé de même que  la médicine traditionnelle.
Le niveau central est chargé principalement  de la formulation de la politique sectorielle, de la planification stratégique, de la coordination, de la mobilisation et affectation des ressources ainsi que du suivi - évaluation. Ce niveau assure la fonction de régulation et de normalisation.

Le niveau intermédiaire est composé de 17 bureaux provinciaux de santé (BPS). Ils correspondent au niveau central déconcentré. Les BPS sont chargés de la coordination de toutes les activités sanitaires de la province et de l’appui aux districts sanitaires. Ce niveau correspond au deuxième niveau administratif qui est reconnu juridiquement.
Le niveau périphérique est composé de 45 districts de santé couvrant 43 hôpitaux et  735 centres de santé répartis sur les 129 communes du pays. Un District Sanitaire couvre 2 à 3 communes et correspond au troisième niveau administratif dans le secteur de la santé, lequel diffère du niveau administratif territorial qui est la commune. Ce niveau intègre la participation communautaire qui est appliquée à travers la gestion des centres de santé par la mise en place des comités de santé et de gestion des CDS ainsi que les relais communautaires qui assurent l’interface entre le centre de santé et la communauté.
La carte sanitaire du Burundi indique que le pays compte 685 Centres de santé fonctionnels, dont 63% relèvent du secteur public. Le Pays dispose de  48 Hôpitaux fonctionnels, dont 43 hôpitaux de district  et 5 hôpitaux nationaux.
Le secteur privé à but non lucratif est essentiellement constitué de centres de santé (33% de l’ensemble) appartenant aux confessions religieuses. Huit hôpitaux de districts parmi les 39 qui sont fonctionnels au niveau national appartiennent aux confessionnels. Ce secteur participe  pleinement à la réalisation du PMA et du PCA en conformité avec la Politique Nationale de Santé et est intégré au système de santé public par agréation.
Le secteur privé lucratif médical et pharmaceutique est essentiellement présent au niveau des centres urbains et plus particulièrement au niveau de la ville de Bujumbura. Ce secteur joue un rôle progressivement croissant dans le système de santé en dépit de l'absence de données chiffrées de leurs activités. Au niveau des structures de soins, le secteur privé lucratif comprend des cliniques qui se trouvent dans la ville de Bujumbura et des centres de santé et pharmacies disséminés sur tout le territoire. Ce secteur souffre également d’une insuffisance de contrôle de qualité et de supervision.